Ronaldo először 2003. augusztus 20-án, Kazahsztán ellen volt válogatott. Behívták a 2004-es Eb-re, ahol két gólt szerzett: előbb agörögök elleni csoportmeccsen, majd a hollandok elleni elődöntőben. A viadal végén, bár a döntőt elveszítették, bekerült a torna álomcsapatába. Ugyanebben az évben szerepelt a nemzeti csapattal az olimpián is.

2006-os világbajnokság

A 2006-os vb európai selejtezőinek második legeredményesebb gólszerzője volt hét találattal. A tornán egyetlen gólját Irán ellen szerezte, tizenegyesből.

A negyeddöntők során, Anglia ellen kisebb botrányba keveredett. Manchesteri csapattársát, Wayne Rooneyt az angol sajtó szerint az ő reklamálására állította ki Horacio Elizondo játékvezető. Később Ronaldo ezt tagadta.Az incidens után azonban cinkosan kacsintott portugál csapattársai felé, amit a tévék is közvetítettek, sokszor megismételve, és ez nem tett jót angliai népszerűségének.Az ellenséges fogadtatás miatt talán ekkor voltak a legerősebbek a távozásáról szóló pletykák.Ronaldo ekkor külön kérte, hogy a Real Madridhoz igazolhasson. Sir Alex Ferguson ezúttal a portugál szövetségi kapitányt, Carlos Queirozt kérte meg, beszéljen vele, ezenkívül csapattársa, Rooney is próbálta maradásra bírni.Ronaldo végül maradt, és öt évvel hosszabbított.A torna után, a legjobb fiatal játékos választásakor, ami részben a szurkolók szavazatain is múlik, az angolok komoly lejárató kampányt folytattak ellene.A díjat végül a német Lukas Podolski kapta, fő negatívumként Ronaldo viselkedését említették.

2006–2012

Egy nappal huszonkettedik születésnapja után, pályafutása során először, megkapta a válogatott csapatkapitányi karszalagját, a Brazília elleni barátságos meccsen.A 2008-as Eb-selejtezőkön összesen nyolc gólt rúgott, így Euzebiusz Smolarek mögött a második legtöbb gólt szerezte.Az új szövetségi kapitány, Carlos Queiroz kinevezése óta ő az első számú csapatkapitánya a válogatottnak.A 2010-es vb-selejtezőkön a portugálok gyengén kezdtek, sokáig mindössze a negyedik helyen álltak, csak a selejtezősorozat végén kapaszkodtak fel a pótselejtezőt érő második helyre.Ő lett az első olyan játékos a portugál válogatottban, aki öt nagy válogatott labdarúgótornán gólt szerzett: ide három Európa-bajnokság(2004, 2008, 2012) és két világbajnokság (2006, 2010) tartozik.